Alur naratif yang menggambarkan pergulatan sejarah.
Setiap novel yang mengangkat kisah Pangeran Diponegoro selalu berpusat pada latar belakang sosial, politik, dan spiritual yang mendalam. Alur cerita umumnya dimulai dengan penggambaran kondisi Jawa pada awal abad ke-19, yaitu masa ketika kekuasaan kolonial Belanda semakin menginjak harga diri dan kedaulatan bangsawan serta rakyat pribumi. Narasi sering menyoroti konflik internal dalam keraton Yogyakarta, ketidakadilan pajak, hingga pembangunan jalan yang melanggar batas-batas keramat. Fase awal ini krusial karena ia membangun motivasi utama sang pahlawan. Novel akan memperkenalkan Diponegoro, bukan hanya sebagai bangsawan, tetapi sebagai figur yang dekat dengan rakyat jelata dan sangat taat pada ajaran agama, yang berbenturan langsung dengan gaya hidup modernisasi ala Barat yang dipaksakan.
Inti dari alur naratif adalah momen ketika kesabaran Diponegoro habis. Dalam banyak karya sastra, ini digambarkan melalui adegan simbolis seperti penancapan tongkat di depan rumahnya sebagai penolakan tegas terhadap Belanda. Momen ini menjadi titik balik, mengawali transisi dari figur ulama dan bangsawan yang kritis menjadi pemimpin perang gerilya. Alur kemudian bergerak cepat menuju persiapan logistik, penyatuan kekuatan dari berbagai elemen masyarakat—santri, petani, dan bangsawan yang kecewa—serta pemilihan markas di wilayah perbukitan yang strategis. Persiapan ini seringkali disajikan penuh ketegangan, menunjukkan bagaimana Diponegoro harus meyakinkan semua pihak akan visi perlawanan totalnya terhadap penjajahan.
Bagian terpanjang dari alur novel adalah penggambaran Perang Jawa itu sendiri. Novel-novel sukses biasanya memecah konflik menjadi serangkaian episode pertempuran kecil namun penting, menonjolkan strategi perang gerilya yang khas. Pembaca diajak mengikuti pergerakan pasukan Diponegoro yang lincah melintasi hutan, gunung, dan gua. Bagian ini mengeksplorasi tema kepemimpinan di bawah tekanan ekstrem: bagaimana mempertahankan moral pasukan saat pasokan menipis, menghadapi pengkhianatan, serta keganasan taktik balasan Belanda yang menerapkan sistem devide et impera (adu domba). Perkembangan emosional tokoh utama sangat menonjol di sini, menampilkan sisi kemanusiaan seorang pemimpin yang harus membuat keputusan hidup dan mati bagi ribuan pengikutnya.
Setelah bertahun-tahun berperang, alur mulai memasuki fase penurunan kekuatan. Novel sering menggambarkan mulai terkikisnya dukungan akibat pengepungan militer Belanda yang semakin terorganisir dan penggunaan negosiasi politik untuk memecah belah loyalitas. Fokus naratif bergeser ke strategi licik Belanda, terutama peran Kapten De Kock dan upaya penangkapan yang paling terkenal. Penggambaran pengkhianatan oleh beberapa tokoh kepercayaan menjadi unsur dramatis yang kuat. Ini adalah masa di mana keputusasaan mulai merayapi, namun Diponegoro tetap mempertahankan martabatnya, sebuah ciri khas yang selalu ditekankan dalam setiap alur cerita.
Resolusi datang dalam bentuk pertemuan di Magelang. Alur mencapai klimaks emosional ketika Diponegoro, demi menyelamatkan sisa pengikutnya, memilih untuk menyerahkan diri dengan syarat tertentu, meskipun syarat-syarat tersebut sebagian besar dilanggar oleh Belanda. Bagian akhir novel biasanya berfokus pada perjalanan pembuangan menuju Batavia, lalu ke Manado, dan berakhir di Benteng Vredeburg, Makassar. Meskipun secara fisik kekalahan, narasi seringkali mengakhiri kisah dengan kemenangan spiritual. Diponegoro tetap teguh pada keyakinannya, dan perjuangannya diabadikan, memastikan bahwa alur kisahnya tidak berakhir dengan kekalahan total, melainkan sebagai warisan abadi bagi bangsa Indonesia dalam upaya melawan penindasan.